Přírodní rezervace Černý rybník leží v nadmořské výšce 810 m a nachází se 4,5 km jihozápadně od Flájské nádrže. Součástí rezervace je nejen samotný rybník, ale především rozsáhlé rašeliniště o rozloze 13 ha. V oblasti rašeliniště roste řada druhů mechů. Na prosvětlených sušších místech je hojný porost vřesu obecného, vlochyně, borůvky černé a místy také brusinky obecné. Z ohrožených druhů rostlin zde roste šicha černá, koprník štětinolistý, klikva bahenní a rojovník bahenní. Z lesních dřevin převládá borovice černá, borovice bažinná, smrk ztepilý, bříza bělokorá, jeřáb obecný a různé druhy vrb. Na jižním okraji byl vysazen i smrk pichlavý. V severozápadní části je kleč značně mokrá; na těchto místech dominuje suchopýr pochvatý.

Severní část chráněného území byla známým tokaništěm a hnízdištěm tetřívka obecného. Hnízdí zde sýc rousný, z chráněných plazů zde byl zaznamenán výskyt ještěrky živorodé a zmije obecné. Na rybníce je možné pozorovat např. kachnu divokou či kriticky ohroženou čírku obecnou.